Бир туугандар Триша чумадан өлгөндө аны тирилтүү үчүн тыюу салынган алхимиялык техниканы аткарышат. Натыйжада, трансформация тескери натыйжаларга алып келет жана мыйзам боюнча бирдей алмашуу менен, сол буту жана Альфонс Эдварддын бүт денеси талкаланат. Эдвард Альфонстун жанын сактап калуу үчүн оң колунан ажырап, аны кан мөөрү менен куралданган кийимге байлайт. Рой Мустанг Эдвардды Альфонстун денесин калыбына келтирүү ыкмасы болууга чакырат, аны Мамлекеттик алхимик изилдейт. Эдуард жеңишке жетишип, протездик буту -колу боюнча аталып, Fullmetal Alchemist.
Үч жылдан кийин Элрикс өз максаттарын ишке ашыруу үчүн легендарлуу философтун ташын издейт. Марко өзүнүн ноталарын алар табыш үчүн жөнөтөт, бирок алар ташты чындап жасоонун негизги факторун - бул адамдын курмандыктары экенин билишет. Мустангдын досу Мэйс Хьюз изилдөө иштерин улантууда, бирок Хомункулинин стратегиясын табуу үчүн жамынган Көрө албастык менен атып өлтүрүлгөн.
Изуми менен бирге көрүп, Элрикс адамдын трансформациясын өлүү төрөлгөн баласына жасаганын билет. Жалкоо гомункулус ачкөздүгү Alphonseту басып алат, бирок Аместристин президенти Кинг Брэдли тарабынан сакталат, ал гомункулус Каар катары иштейт. Ошентип, ачкөздүк эрийт жана гомункулинин атасынын ичинде кайра сиңет. Уинри менен Элрикс Хьюз менен баруу үчүн Борбордук шаарга кайтып келишет, бирок анын өтүп кеткенин билишет. Лейтенант Мария Росс Хьюздун киши өлтүрүүсү үчүн камакка алынган, бирок, кыязы, Мустанг тарабынан өлтүрүлгөн. Ошентсе да, Эдуард Росстун кетиши сахналаштырылганын билип, аны Сингаздын ханзаадасы Линг Яонун жардамы менен Америка Кошмо Штаттарынан Синге контрабанда кылышы мүмкүн. Хохенхаймды Эдуард кайра бириктирет, бирок резиденцияда көпкө жоктугу үчүн аны жек көрөт.
Окуянын өнүгүшү менен, хомункулилер каармандар тарабынан кайра -кайра кездешет. Мустанг кумарды өлтүрөт; Мустанг менен Линг ачкөздүктү кармашат, бирок ал көрө албастыктын күчүн жоготот, ал эми Эдвард, Лингге окшош курсак. Ашкөздүк Атаны жолуктуруу үчүн Альфонсту талап кылат, бирок Линг гомонкулуска, тактап айтканда ачкөздүктүн эң жаңы аватарына айланат, калгандары Ашкөздүктүн курсагынан качып кеткенде. Элрикалар Атасы каршы болбогондо, издөөнү улантуу үчүн чыгарылат.
Жер астындагы туннелди Бриггстин астына жайгаштырган генерал Оливье Армстронг Атасы менен Элрикс улуттук трансформациялоочу топ түзүп жатканын жана анын жарандарына Кудайга көтөрүлө алууну көздөп жатканын табат. Ачкөздүк Атаны жана анын мурунку эс -тутумдарын, кийин жана Эдвард менен, Кимбле Хохенхаймдын химера мини менен биригип, чыккынчылыкты калыбына келтирет. Хохенхайм төрт жүз жыл мурун атасы тарабынан тирүү философтун ташына айланып, өлбөс экенин жеке түрдө уулдарына ачып берет.
Убада күнү келет жана Атам өзүнүн тутулуусун жана адамзатты алмаштырууга аракет кылгандардын стратегиясын анын курмандыктары катары баштоого даярданат. Ар кандай каармандар Homunculi мөөнөтү бүтүп, Атасынын кызматчылары менен кагылышышат. Аргасыз болгон Мустангдан кийин, ошондой эле Элрикс, Изуми, Хохенхайм атасы улуттук трансформацияны активдештирүүчү себептер катары чогултулат. Ошентсе да, Скар жана Хохенхайм каршы чаралар менен куткарылуу үчүн аместриялыктарды активдештирет. Ачкөздүктү Атам бузат, бирок атам жердин үстүндө турат, ал жерде башкы каармандар анын Философ ташын талкалаш үчүн күрөшүшөт.
Атфонго каршы акыркы чыр -чатактан кийин курал -жарактары талкаланган Альфонс оң колун кайтарып алууга рухун берет, ал өз кезегинде Атанын Ташын талкалап, Эдуардын Чындык эфирдик дарбазасына кайра жөнөтөт. Эдвард жаны менен Альфонстун денесин калыбына келтирүү үчүн алхимия кылуу күчүн жоготот. Хохенхайм мүрзөнү көрөт, ал өлгөн жерде Тришанын күлкүсү бар.
